中心始建于1978年，前身为昆岗公社卫生院。1984年改称昆岗乡卫生院。1994年改称为小昆山镇卫生院。2003年经卫生体制改革，转换为"上海松江科技园区社区卫生服务中心".2007年7月，上海市人民政府正式发文同意设立小昆山镇行政建制，同期更名为"上海市松江区小昆山镇社区卫生服务中心".2014年12月完成整体搬迁。

　　中心建设用地总面积20亩，总建筑面积15675.8平方米，其中地上建筑面积13795.8平方米，地下1880平方米，绿化率36.1%.地上由一幢三层的门诊及行政楼、一幢五层半的住院及公共卫生楼、一幢一层的发热肠道门诊楼组成。病床有270张，其中普通病床48张，老年病房222张，目前开放122张。

　　中心主要承担辖区48平方公里内常住居民和外来流动人口常见病、多发病、诊断明确的慢性病的基本医疗和公共卫生服务。下设2所中心卫生室，3所一般村卫生室，组建3支全科服务团队，开展以网络化管理的家庭医生制服务。