常熟市中医院由具有五十多年历史的原常熟市中医院与原常熟市妇幼保健院合并重组而成，于2003年12月搬迁至黄河路东首，保留菱塘分院老年康复中心。2006年成为南京中医药大学常熟附属医院，2011年评为三级乙等中医医院。2016年医院门急诊量111.2万余人次，出院病人3.9万余人次，手术1.4万余例次。医院东扩新住院大楼为市政府惠民工程，投资3.4个亿，建筑面积4.2万平方米，于2015年10月底竣工，2016年初正式启用。新大楼以外科、妇产科、急诊科、新生儿科为主，新增床位500张。目前全院开放床位逾千张，医院占地面积8.3万平方米，建筑面积10.2万平方米。现有在编职工1022名，其中卫技人员950名。具备高级职称175人，中级职称398人，博士4人、硕士96人。

　　医院为国家中医药管理局“治未病”预防保健服务试点单位，中医药预防保健及康复服务能力建设单位；拥有国家级中医重点专科建设项目1个，省级中医重点专科1个（建设项目2个），特色专科建设项目1个，苏州及常熟市重点专科6个，拥有省名中医3名，市名中医2名，“333高层次人才培养工程”培养对象1名，“姑苏卫生重点人才”1名。2008年11月建成开馆的“常熟中医药博物馆”，为省、市级中医药文化宣传教育基地和科普教育基地。2015年，医院成立吴门医派虞山医学研究所，更深层次挖掘虞山医学流派的精髓，促进虞山医学流派的传承与发展。

　　近年来，医院引进各类国内外新技术32项，目前，已获得省技术准入的项目有：内镜逆行胰胆管造影诊疗技术、血液净化技术（含血液透析、血浆置换、腹膜透析等技术）、骨关节置换技术、泌尿外科腹腔镜治疗技术、肿瘤消融治疗技术、医用高压氧治疗术、白内障超声乳化技术、骨科三级关节镜技术、骨科三级脊柱内镜技术、普通外科三级内镜技术、泌尿外科三级内镜技术和鼻科三级内镜技术；医院设有虞山名医馆和中医养生馆，由省、市名中医及其弟子坐诊，在中医治疗失眠、女性更年期调理、四季养生、冬季膏方调理以及冬病夏治采用中药敷贴预防和治疗过敏性哮喘等方面效果明显，深受市民欢迎；“常熟中医药博物馆”藏有中医制药用具、外科手术器具、常熟籍中医名家及其着作、学术文献等500多件中医文物，是目前县级中医院最具规模、内涵最丰富的中医药博物馆；医院开设中医专病门诊46个，开展中医医疗技术67项，制定中医优势病种诊疗方案67个。其中骨伤科、肛肠科、肾病科、肿瘤科和妇科邵亨元工作室在常熟乃至苏州地区均享有较高声誉。医院开设孕妇学校、产后康复科、婴儿沐浴室、以及孕妇营养门诊、产前检查、陪伴分娩等各项产科服务项目，为孕产妇和婴儿提供了更多人性化的服务，2016年孕妇分娩率占全市分娩总数的54.70%。

　　“十三五”期间，医院将秉承“精诚、博爱、传承、创新”的院训，以“中医中药、妇幼保健、急诊急救、慢病诊疗”为特色，以建设“精致医院”为目标，加强内部流程再造，着力打造特色专科，提升服务质量和水平，为群众提供更加优质的医疗服务。