北京妇幼保健院成立于2002年6月，是由北京市妇女保健所、北京市儿童保健所、北京市计划生育技术指导所合并而成，是北京市唯一一家市级妇幼保健院。目前保健业务科室有围产保健管理科、婚前保健与出生人口素质管理科、妇女多发病防治管理科、计划生育技术管理科、婴幼儿保健管理科、学龄前儿童保健管理科、新生儿疾病筛查管理科、儿童神经心理发育管理科、群体信息科和健康教育科等及新生儿疾病筛查中心、产前诊断中心。

　　北京妇幼保健院作为北京市妇幼三级网络的龙头单位，承担着政府妇幼公共卫生管理职能，在控制孕产妇死亡、保障母婴安全，开展出生缺陷三级预防、提高出生人口素质，开展妇女、儿童疾病预防、保障妇女儿童健康水平方面发挥着重要作用。主要承担北京市妇幼保健各项专业技术的管理，包括：技术标准制定、专业人员培训、妇幼专项技术检查指导、适宜技术推广；开展人群妇幼健康教育、妇幼卫生信息监测、妇幼保健技术与管理研究，以及落实政府各项妇幼公共卫生政策，包括：医改项目、基本公共卫生服务项目、重大公共卫生项目等，如适龄妇女免费“两癌”筛查，待孕妇女免费增补叶酸、农村妇女住院分娩补助、预防母婴传播疾病、新生儿先天性疾病免费筛查、0-6岁儿童免费健康体检等。妇幼保健遵循的工作方针是：以保健为中心，以保障生殖健康为目的，实行保健与临床相结合，面向群体、面向基层和预防为主的方针。

　　在完成好政府妇幼公共卫生管理工作的同时，开展妇女儿童个体保健服务，作为全市新生儿遗传代谢性疾病筛查中心，承担着全市所有筛查异常儿童的确诊与治疗指导服务；开展儿童生长发育评估与促进、儿童神经心理发育评估与干预等儿童保健服务项目，及孕前保健、产后康复及更年期保健等妇女保健服务项目，通过个体保健服务平台，建立全市妇女、儿童保健服务的转诊网络与培训基地，发挥市级妇幼保健院在全市妇幼保健管理、服务、科研、教学的引领作用。