为提升医院的医疗和学科建设水平，推广肿瘤疾病的先进诊疗理念，贯彻肿瘤疾病的诊疗指南，于2005年6月成立了包括肺癌和食管癌、乳腺癌、胃癌、大肠癌、淋巴瘤、鼻咽癌、甲状腺癌、头颈恶性肿瘤、前列腺癌、妇科肿瘤、胰腺肝胆恶性肿瘤、骨和软组织肿瘤等12个多学科综合治疗协作组，这是一个以病人为中心，以完善治疗为目的的系统化工程，各协作组分别有一位召集人，并由肿瘤外科、肿瘤内科、放疗科、肿瘤病理科、放射诊断科、核医学科、超声诊断科的教授共同参与讨论每个患者的诊治方案，力争使患者接受最正规的系统化治疗，提高肿瘤患者的疗效。

　　同时，医院本着“构建内外关系、服务肿瘤患者、树立医院形象”的发展方向，大力加强国内合作，把握原则，注重实效，合作领域不断拓展，服务质量不断提高，受益人群不断增加。医院在浙江温岭市第二人民医院挂牌成立复旦大学附属肿瘤医院台州分院。受闵行区政府和闵行区卫生局委托，对闵行区肿瘤医院进行全面管理，成立复旦大学附属肿瘤医院闵行分院。医院期望通过分院的建设逐步将肿瘤治疗的先进理念推向华东地区乃至全国，为更多的肿瘤患者提供高质量的医疗服务。2011年已与4家医疗单位建立合作关系，包括泰州市人民医院、常熟市第一人民医院、南昌市第三人民医院、宁波市临床病理诊断中心等。

　　2003年9月，医院与美国德州安德森肿瘤中心(MDACC)正式签署协议缔结为“姐妹医院”，建立肿瘤病人远程会诊机制，为肿瘤病人提供接受国外著名医疗机构治疗的途径。2005年9月，与新加坡国立健保集团癌症中心签订合约，正式缔结为“姐妹医院”，合作进行肿瘤基础研究和临床经验的交流，同时建立肿瘤病人的互相转诊机制。2008年4月，与法国Gustave-Roussy肿瘤中心正式签署合作协议，缔结为 “姐妹医院”，进行课题申请和人才培养等方面的合作。2010年7月，医院与日本金沢大学癌症研究所(Cancer Research Institute of Kanazawa University)正式签署协议缔结为“姐妹医院”，引进日本医学界最先进的癌症治疗科技，进行科研项目等方面的合作。2012年1月，医院与意大利肿瘤研究中心签署协议缔结为“姐妹医院”在科研等方面开展进一步的交流研究。

　　2011年，全年接待来访外宾241人次，举办国际学术讲座31次。主办第五届中国-国际淋巴造血组织疾病研讨会、第四届复旦-MDACC诊断病理新进展研讨会、2011CSCO肿瘤治疗新进展论坛---分子靶向治疗、放疗研究与医学物理国际研讨会、2011年第十三届现代妇科肿瘤临床诊疗规范与进展论坛、中美多学科肿瘤影像研讨会、2011年中美大肠癌多学科综合治疗研讨会、第十一届全国乳腺癌会议第六届上海国际乳腺癌论坛、上海泌尿肿瘤国际论坛、第十八届上海-大阪-墨尔本组织病理学研讨会、首届中德生物治疗与消化系统恶性肿瘤学术研讨会等国际学术会议。