西南医院共设43个临床、医技科室，其中国家级重点学科3个(烧伤、肝胆、中医)，全军医学专科研究所5个(烧伤、肝胆、感染、消化、泌尿)；5个全军专科中心（眼科、骨科、神外、病理、信息）；两个全军专病中心（康复、妇科）；临床医学一级学科为重庆市重点学科。学科综合实力和临床治疗水平居全国前列。