南京紫金医院位于钟山南麓、美丽的月牙湖畔，是由第二军医大学南京军医学院（原海军医学高等专科学院）航潜教研室、高压氧实验室组合成立的海军脑血管病康复中心（1987）发展而来。1993年南京市卫生局正式批准更名为“南京紫金医院”。1998年被中华高压氧医学分会确定为脑复苏研究治疗中心。2001年被南京市劳动和社会保障局指定为医务人员定点医疗机构。2002年被南京市卫生局核定为非盈利性民营医疗机构。