南京脑科医院始建于1947年，前身为卫生部南京精神病防治院，是我国第一所国立神经精神病专科医院。现为江苏省精神卫生指导中心，是江苏省唯一一所三级甲等神经精神专科医院。南京脑科医院占地面积6.6万平方米，建筑面积7万余平方米，拥有CT、MR、数字减影血管照影（DSA）、伽玛刀、神经导航系统、高压氧等大型设备，有床位650张，设有神经内科、神经外科、精神科、儿童精神科、老年精神科、医学心理科、康复科等10个临床科室和8个医技科室。南京脑科医院为南京医科大学第二临床医学院二部，设有神经病学、精神病学、医学心理学3个教研室和6个研究机构，主要承担3所高等医学院校和1所卫校的神经病学、精神病学、医学心理学和护理学等专业课程的教学和临床实习带教任务。出版发行"神经病学？志"、"精神病学杂志"和"神经外科医学杂志"三部医学专业期刊。九五"期间南京脑科医院开展新技术、新项目28项，获各级课题62项，发表论文508篇，获各级科技奖39项。1999年，该院被卫生部等授予全国"百佳医院"称号，2000年被评为"全国卫生系统先进集体"、"江苏省十佳医院"等。