南京鼓楼医院集团仪征医院始建于1978年，前身是中国石化仪征化纤职工医院，1991 年成为南京医科大学第三附属医院，2004年完成第一次改制，2012年二次改制，加入金陵药业股份有限公司，加盟于南京鼓楼医院集团，更名为“南京鼓楼医院集团仪征医院”。2019年，医院与高校再度合作，成为扬州大学医学院附属医院。