由于非淋菌性尿道炎本来症状即轻，治疗后症状就更不明显了，但不能认为本病已经治疗。也有的患者经治疗后，大夫告诉他已经治疗，但患者仍有一些不适症状。这两种情况都令人迷惑，非淋怎样才能算治好呢?判定非淋菌性尿道炎治疗的标准既不能完全根据症状，也不能不考虑患者的自觉症状。没有症状如化验检查证明仍有衣原体或支原体，也说明病情未得到控制。而患者有不适的症状，至少3次化验检查证明均为阴性，可以说已经治疗。治疗结束一周应随访复查。

治疗标准：

1、临床症状消失1周以上，尿道无分泌物。

2、尿液澄清，沉渣镜检阴性。

3、尿道(宫颈)标本衣原体、支原体检查阴性。