生殖器疱疹是误诊率较高的疾病。有很多患者仅仅有一点轻度的包皮龟头炎，即被某些别有用心的所谓医生们诊断为生殖器疱疹，白白浪费了金钱还耽误治疗。下面介绍几个需要鉴别诊断的疾病。

(1)龟头包皮炎初起潮红、糜烂，但很少出现水疱。可有渗液，包皮水肿不能上翻，有时有脓性分泌物。依据不同的病因可分为外伤性龟头炎、接触性龟头炎、感染性龟头炎、念珠菌性龟头炎、阿米巴性龟头炎、滴虫性龟头炎、浆细胞性龟头炎等。

(2)硬下疳为硬性溃疡，边缘整齐。详见梅毒。

(3)淋病也可发生龟头包皮炎，但主要表现为急性化脓性尿道炎。

(4)固定红斑性药疹常常由于口服磺胺类药物或止痛类药物引起。发生于阴部，有红肿，常破溃，糜烂，也有反复，要仔细地询问病史。

(5)接触性皮炎。

(6)带状疱疹。

(7)脓疱病等。

生殖器疱疹，由于病情反复发作，又无有效药物控制，加之难以忍受连药物亦无法制止的烧灼样局部疼痛，常常使患者产生沉重的心理负担。他们害怕疼痛、害怕传染给与其有性关系的人、害怕癌变。肉体的痛苦加上精神的负担，往往使患者自尊心受挫，使之不愿与异性交往，从而导致性功能障碍，影响夫妻感情及家庭的和睦，久而久之甚至发生抑郁症。