几乎各种感染源均可引起非淋菌性尿道炎，但以细菌感染为主。在常规检查和细菌培养时，虽然大约90%的非淋菌性尿道炎均无致病原发现，但如应用特异性方法检查，则可从42%的男性非淋病性尿道中分离出沙眼衣原体。此外，滴虫和念珠菌也是非淋菌性尿道炎的常见致病原。

治疗非淋由于要查明致病菌，对症治疗，而非淋发病可能与多种病菌有关，因而病程较长。由于非淋菌性尿道炎治疗周期长，病情反反复复，在治疗前患者希望有性生活。但是，在治疗非淋菌性尿道炎的过程中，较好不要有性生活，因为性生活将可能导致治疗前功尽弃。

在性生活中，由于泌尿生殖道的充血，使病原体加快繁殖，甚至于进一步感染内生殖器。并且非淋菌性尿道炎可通过性接触感染，治疗期间禁止性生活可以避免引起性伴侣的感染。

在症状消失后，也应该详细检查确认治疗才可进行性生活。因为非淋菌性尿道炎可由性生活所引起。对这些病人如不及时诊断治疗，别增加了其配偶被传染的危险;有的病人也可能暂时停止性生活，以掩盖其所患之症。

除非尿道粘膜广泛累及，尿道炎一般并不影响性功能和以后的性生活。尽管如此，仍然有些病人由于心理上的原因而发生性功能障碍。