疱疹病毒不是所有的人都一经感染便立即发病，而是在体内隐匿，潜伏于神经节内。当机体调节机能紊乱，患其他感染、月经或使用抑制剂造成机体功能低下时，病毒便被激活，感染皮肤或黏膜，出现一系列临床症状。

生殖器疱疹一般分为原发性与继发性两种：

1、原发性生殖器疱疹的症状

潜伏期2~7天。患部先有烧灼感，原发损害是一个或多个小而瘙痒的红小丘疹，迅速变成小疱。3~5天后，小疱变成糜烂或溃疡、结痂，有疼痛。发病时及发病前夕可有全身症状，包括发热、全身不适、颈项强直、头痛，在骶椎2~4节段出现感觉异常。皮肤损害可单发也可融合。男性位于龟头、冠状沟、阴囊、尿道口或阴茎体;女性位于会阴部、肛门周围、大腿或臀部，约有90%同时侵犯子宫颈。有的原发疱疹仅仅累及子宫颈，故而易被忽略。感染的疱疹病毒时，宫颈外观可以正常或潮红，或伴有多个散在的溃疡。而该病毒对阴道的损害不多见。肛门的直接损害可无自觉症状或伴有痒感、排脓以及里急后重感。一般所有原发生殖器疱疹均可伴有淋巴结肿大、压痛、经1~2个月才缓慢消退。

2、反复性生殖器疱疹的症状

次疱疹病毒感染后1年内有将近60%的患者反复。年可反复4~6次，以后次数减少。发热、月经来潮、性交、情绪激动、消化不良或气侯变化均可成为反复的诱因。反复一般都在原处，但水疱数目、持续时间和自觉症状均比原发者轻，淋巴结不肿大。生殖器感染II型疱疹病毒者，反复更多。有资料介绍，I型疱疹病毒感染只有14%反复，而II型疱疹病毒感染反复率则高达60%。原发或反复生生殖器疱疹可伴有排尿困难、急性尿潴留、疱疹性瘭疽、脑炎、子宫内膜炎。

生殖器疱疹，由于病情反反复作，又无有效药物控制，加之难以忍受连药物亦无法制止的烧灼样局部疼痛，常常使患者产生沉重的心理负担。他们害怕疼痛、害怕传染给与其有性关系的人、害怕癌变。肉体的痛苦加上精神的负担，往往使患者自尊心受挫，使之不愿与异性交往，从而导致性功能障碍，影响夫妻感情及家庭的和睦，久而久之甚至发生抑郁症。